Junto con la declaración, el Consejo también ha aprobado los planes de ordenación de los recursos naturales de este espacio. De vigencia indefinida y con evaluación cada seis años, estos documentos establecen las normas para compatibilizar la preservación de los valores ecológicos con los usos y aprovechamientos, a través de un régimen de autorizaciones y limitaciones. Asimismo, recogen los distintos programas para mantener los procesos ecológicos; restaurar los hábitats degradados o desnaturalizados; conservar la flora y la fauna, y garantizar la protección del paisaje.
Respecto a los planes anteriores, los nuevos documentos recogen adaptaciones a las exigencias específicas de la Red Natura 2000.
La declaración de un enclave o territorio como ZEC conlleva su inclusión en la red europea de espacios naturales Red Natura 2000. Esta red integra los hábitats que se consideran de mayor valor ecológico a escala continental y, por tanto, otorga un plus de reconocimiento tanto a los espacios que incorpora como a la gestión pública de los mismos. Andalucía tiene un peso muy destacado en esta red, ya que cuenta con una de las mayores extensiones de territorio protegido de la Unión Europea y la mayor de España: casi 2,74 millones de hectáreas, el 30% del total nacional. Asimismo, es la segunda comunidad autónoma española, después de las Islas Canarias, con mayor longitud de costa protegida (uno de cada tres kilómetros). En el ámbito internacional, la región tiene reconocidas por la Unesco nueve de las 22 Reservas de Biosfera españolas, a lo que suma la consideración de Doñana como Patrimonio de la Humanidad.
La Reserva Natural de la Laguna de Adra, integrada por las albuferas Honda y Nueva, se localiza al suroeste de la provincia de Almería, en el delta del río del mismo nombre. Con una extensión de 131 hectáreas, este enclave de alto interés faunístico es punto de paso de multitud de aves acuáticas migratorias. De aguas moderadamente salobres por su situación junto a la línea de costa, el espacio alberga una de las mayores zonas de invernada y cría de la malvasía cabeciblanca en Europa, además de otras aves acuáticas nidificantes como el avetorillo, la focha o el porrón moñudo. La Albufera de Adra ofrece también una variada riqueza de anfibios y peces, entre ellos el fartet, una especie exclusiva de la Península Ibérica y en peligro de extinción que concentra aquí su variedad intermedia entre la mediterránea y la atlántica.
